Entre las aves existe gran número de especies (más de 270), siendo las más comunes las Garzas, los Patos y Martín pescador, entre los reptiles destacan el Cuajipal y el lagarto negro, varios géneros de tortugas de agua dulce, iguanas, garrobos, barselicos, lagartijas, y reptiles, entre los anfibios, las ranas.

Dentro de los mamíferos, se encuentra el Venado, Tepeizcuintes o guardatinajas, cusucos o armadillos, cerdo de monte o zahino, pizote, perezoso, monos congos, oso hormiguero, nutria o perro de agua, guatusa murciélagos, los felinos (jaguar y canelo), se encuentran en peligro de extinción.

La ictiofauna (peces), comprende el Gaspar ( el más abundante), guapotes, mojarras, guabinas, róbalos, machacas, roncador y últimamente tilapias.

En el bosque primario destacan especies arbóreas como el Guarumo, el Poroporo, la Ceiba, el Cedro Real. En la zona totalmente húmeda se encuentra el Ponpojoche, el Helequeme, el Guabo y el Papaturro, en el área pantanosa hay presencia de gramineas altas como el Zacatón, el Junca, el Platanillo, la Naranjela, de palmáceas como el Yolillo, la Palma casea, el Corozo y la Palma de aceite silvestre. En el espejo de agua proliferan especies acuáticas como la Lechuga de agua, el Lirio de agua y otras especies.

La situación del recurso forestal es muy crítica, el bosque latifoliado denso se encuentra reducido a pequeñas áreas (rodales) generalmente no mayores de 50 hectáreas, ubicadas en la parte sur del Río Papaturro, la zona sur – oriental del refugio cerca de Río Frío, se encuentra desprovista de su flora natural original y en difícil situación para su regeneración natural.

Las áreas de humedad comprenden una amplia gama de terrenos temporal o permanente, cubierto de árboles, palmáceas, gramíneas, leguminosas y demás plantas acuáticas emergentes o flotantes donde se genera, alberga, nutre y reproduce un inmenso sustrato micro orgánico, que mueve la cadena alimenticia que se hace obvia en la diversidad material y funcional de aves, reptiles, anfibios, mamíferos y peces.

La fauna del municipio es predominante en animales silvestres. La fauna de los ríos es rica en especies de consumo local y mercado internacional, la gran variedad de la flora y la fauna de la zona tiende a desaparecer sin un manejo y control racional de los mismos.

El tipo de bosque que posee la zona de El Castillo es bosque pluvial premontano tropical. En El Castillo, el río es ancho, rodeado de islotes y cubiertos de vegetación, en la Reserva Indio-Maíz, está lleno de raudales y zonas selváticas ricas de flora.

Peces: Gaspar, róbalo, roncador, lagarto, guajipal, mojarras, tortuga, guapotes, laguneros, pez sierra, tiburones, sábalo real, machaca, sardinas, tilapias, langosta.

Aves: Lapas, loras, cotorras, chocoyos, tucanes, correas, gavilán, zopilote, quenquen, garzas, garsones, martín Peña, gorriones chachalacas, pavos, pavones, codornices, guises, sensontles, guarda barrancos, carpinteros, zanates, alcaravanes etc.

Reptiles: Iguanas negras y verdes, garrobos, culebras, ( terciopelos, coral, víboras de sangre, cascabel ) una gran cantidad de serpiente y reptiles.

Otros Tipos: Venados, chancho de monte (sahino), cusuco, conejo, tigre, tigrillo, leones, pisotas, mapachines, gato de monte, ardillas, zorros, zorrillos, etc.

San Juan de Nicaragua, posee dentro de su planicie el bosque muy húmedo tropical, que se caracteriza por ser denso y perennifolio, miltiestraficado y con lianas gigantescas.

La flora de este sistema es de las más ricas, destacándose el cedro macho, laurel, caoba, almendro, hule y roble.

Frutales: mango, naranjo, (dulce y agrio) limones (dulces de castilla, limón mandarina, limones dulces) guayaba, marañón, jocote, coco, níspero, aguacate, mandarinas, icacos, fruta de pan.