No existen documentos coloniales que permitan conocer sobre el año de fundación de la ciudad de San Carlos, lo único cierto es que no existía para el año de 1679, año en que el obispo de Nicaragua Fray Andrés de las Navas y Quevedo expuso al Rey de España la necesidad de fundar una ciudad en la “boca del desaguadero”, como se le llamaba durante la colonia al Río San Juan y fechada en la ciudad de Granada el 12 de abril de 1679.

Dada la importancia que para España significaba el Desaguadero de la Laguna como le llamaban al Lago de Nicaragua y su desagüe natural el Río San Juan, no puede negarse que la antigua ciudad española de Nueva Jaen haya ocupado el actual asiento de San Carlos, como lo afirma el historiador guatemalteco Padre Domingo Juarros, atribuyéndole la fundación de la Nueva Jaen al capitán Gabriel de Rojas en el año 1527 cuyo criterio siguió años después el historiador nicaragüense Tomas Ayón.

En otros documentos que registra la historia del Río San Juan, escrita por los cronistas españoles, a la llegada de ellos, encontraron poblado este lugar por las diferentes tribus indígenas, los Pipiles, posiblemente los primeros en llegar a la desembocadura del Río San Juan, donde se sentaron, de procedencia Náhuatl. Estos indios eran conocidos como Nicaraos o Niquiranos, los Votos, se ubicaron a lo largo del Río San Juan. En la primera mitad del siglo XVI estos dos grupos fueron casi exterminados, solo un reducido número de Los Votos, lograron huir hacia la zona sur del Río San Juan.

Los Guatusos, ocuparon la cuenca superior del Río Frío, estos descendían de los Caribes, Votos, Abangares, Tices y Capataz, eran conocidos como una tribu belicosa, ocupaban estratégicas posiciones en las laderas de la montaña, dominando los llanos de Guatuso y San Carlos, probablemente tenían procedencia antillana, habían poblado también el archipiélago de Solentiname, perseguidos y diezmados muchos de ellos fueron vendidos como esclavos en las haciendas de Chontales.

Los Caribes y Miskitos, se ubicaron en la zona del lago, hasta donde llegaban las fronteras de la Mosquitia, los españoles no consiguieron reducirlos para utilizarlos como esclavos en sus conquistas.

Varios poblados fundados por estos indígenas fueron quemados por ellos mismos para que no fueran ocupados por los conquistadores, sobre estas ruinas los españoles construyeron sus primeras ciudades Nueva Jaén, San Juan de la Cruz (hoy San Juan del Norte), El Castillo pero más que ciudades eran fuertes militares que defendían las rutas comerciales y las ciudades del pacifico.

Durante la época colonial, la región del Río San Juan era importante, sobretodo, como ruta de tránsito a través del río que lleva su mismo nombre, muchos comerciantes de Granada empezaron a establecer grandes haciendas ganaderas a lo largo de la orilla del Lago de Nicaragua.

Hasta el siglo pasado, el control sobre el Río San Juan, fue causa de conflictos políticos de compañías extranjeras que comenzaron a desarrollar actividades de tipo enclave, dirigidas a la explotación de la madera, cultivo del caucho, raicilla, bananeras, y del río mismo como ruta interoceánica. Cuando se terminaron estas actividades, la región del Río San Juan quedó en el olvido y marginada en su desarrollo económico y social.