El primer embrión de San Miguelito, fue conocido con el nombre de Las Aldeas y se asentó al oriente de la actual ubicación, el cual fue fundado por los huleros y raicilleros entre los años 1,850 y 1,855. En el siglo pasado San Miguelito, tuvo gran importancia comercial, esta actividad se desarrollaba a través del proyecto de ferrocarril que cubría la ruta desde este municipio hasta Punta Mico, en el Océano Atlántico, para aprovechar la extracción de hule y raicilla que abundaba en la zona.

Actualmente el municipio ocupa la parte baja y occidental de la loma del antiguo asiento, ubicado a 248 kilómetros de la Capital, sus principales atractivos turísticos son sus humedales ricos en biodiversidad y a su privilegiada posición frente al lago de agua dulce más grande de la Región, el Lago Cocibolca o de Nicaragua. A este bello puerto se llega en carretera asfaltada, cuenta además con parque infantil, parque de ferias, parque natural, un moderno estadio y variada oferta turística.