Las tribus indígenas caribes, miskitos y los guatuzos, entre otros grupos, fueron los primeros habitantes de la zona del departamento de Río San Juan, antes que se conociera como Desaguadero del Mar Dulce.

Existe diferentes hipótesis acerca del nombre del Municipio, una de ellas y la más cercana a la realidad es la brindada por la Sra. Felipa Beroteran, ella nos narro lo siguiente: A inicio del siglo los madereros provenientes de las montañas, llegaban a descansar debajo de los arboles de guanacaste, estos arboles se encontraban en las distintas lomas que se caracterizaban por tener abundantes piedras. Comenta Doña Felipa que entre los madereros le llamaban a esos puntos morro, MORRITO etc. Existe la posibilidad de que sea estos maderero los que marcaron el inicio del nombre que actualmente ostenta el Municipio.

La llegada de los madereros es producto de la extracción de madera por compañías norteamericana, y por las características de puerto lacustre facilitaba el transporte de madera para estas compañías. Así también se transportaba hule raicilla hacia él pacifico para posteriormente ser exportada.

El Municipio de MORRITO, Según la ley de división política administrativa publicada en octubre de 1989 pertenece al departamento de Río San Juan.

Hoy es un puerto prospero, cuenta con carretera asfaltada desde la vía principal, cuanta además con mercado, Parque Infantil, Parque de Ferias y oferta turística variada.