Río San Juan es un departamento de Nicaragua Joven, 1949 se declara la creación del departamento y en 1957se constituyó, de territorio de Chontales y Zelaya. Su superficie es de 7,541 km² y tiene una población de 95.500 habitantes (censo de 2005). Su capital es San Carlos. El departamento también incluye el archipiélago de Solentiname y el río San Juan, del que toma nombre.

Sus límites son:

• Al norte, con el Departamento de Chontales y la Región Autónoma Costa Caribe Sur (R.A.C.C.S.).
• Al sur, con la República de Costa Rica.
• Al este, con el Océano Atlántico.
• Al oeste, con el Lago de Nicaragua o Cocibolca y el Departamento de Rivas.

El Río San Juan, o “el desaguadero”, a como fue llamado en primera instancia, fue descubierto por los conquistadores españoles en 1525, navegaron desde San Carlos hasta la Casa del Diablo o Raudales de El Castillo. Los españoles estaban consientes de la importancia de controlar el paso entre el lago y el Océano, por lo que dos años después fundaron San Carlos y se continuó la búsqueda de la salida del río en el Caribe.

Pasaron 14 años de intentos expedicionarios, hasta que al fin, en 1539, fue descubierta la desembocadura del río en el Océano.

El río resultó ser una magnífica conexión para la Provincia de Nicaragua con el resto del territorio español. A través de él, Granada y otras colonias comerciaban con ciudades como La Habana, Cartagena de Indias y Portobelo. Esto fue conocido por los piratas que asolaban el caribe, y pronto hicieron incursiones a través del San Juan.

Por el río entraron piratas, bucaneros y filibusteros como Henry Morgan, John Davis, John Morris, Harrison, François l´Ollonais, entre otros. Aunque a veces eran rechazados, la mayoría del tiempo tomaban el fuerte de San Carlos, y luego atacaban la ciudad de Granada y a veces León, de donde se llevaban tesoros, mercadería y ciudadanos prisioneros.

Para defender el paso por el río, comenzaron a construirse fortificaciones en sus márgenes. En una época hubo hasta 12 fortificaciones a lo largo del San Juan. La Inmaculada, la más grande fortificación colonial de América Central hasta ese momento 1675 (27 m X  58 m) en El Castillo de la Inmaculada Concepción.

Esta fortaleza sobrevivió a encarnizadas batallas, en contra de piratas, miskitos (era un reino Indígena asentado en el caribe y apoyado por Inglaterra), filibusteros norteamericanos y sobre todo a tropas británicas.

Durante los años bélicos entre España e Inglaterra, una sustantiva fuerza de ingleses y miskitos intentaron tomarse el río. En la El Castillo, el jefe de la guarnición había muerto antes del ataque, y fue su hija, la heroína Rafaela Herrera, quien con tan solo 19 años dirigió la defensa ante una fuerza superior de invasores, quienes no pudieron tomar la fortaleza.

Años más tarde, el célebre marino militar inglés Horacio Nelson fue, en su juventud, uno de los comandantes que dirigió una ofensiva en contra de los territorios españoles, durante la cual tomaron San Juan del Norte y luego, tras una fuerte batalla que duró 18 días, tomaron El Castillo. La invasión inglesa no pudo continuar, y pronto abandonaron el río debido a enfermedades y faltas de suministros.

Después de haber presenciado este y muchos otros eventos históricos, la gente comenzó a perder interés en el río San Juan después de la construcción del Canal de Panamá y abandonaron la zona, la que la convirtió en una con poca actividad. Este tuvo una buena consecuencia para el medio ambiente porque permitió que la naturaleza tomara el control y hasta ahora es una impresionante vida silvestre y una espectacular flora las que dominan este gran y bello río.